第三部负责细菌武器的制造，由江口中佐任部长。
第四部负责细菌生产，由川岛少将任部长。这个部下设两个分部，每一分部按照分工独立地进行各种细菌的生产。
第五部是总务部，起初由中留中佐为部长，后由太田大佐兼任。该部是731部队本部的综合部门，权力很大，它不仅负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配，而且更重要的是直接与宪兵队联络和接收作细菌试验的人。
第六部是训练教育部，起初由园田大佐任部长，后来由西中佐接任部长。第七部是资料供应部，由大谷少将任部长。这个部负责各种器材、设备的供应。
第八部则是诊疗部，由永山大佐任部长。这个部负责对细菌传染的预防和日本人的疾病医疗事宜。
与各部平行的还有一个石井特别班，由石井四郎的家族人员亲自把持。石井四郎的二哥次男刚男负责“特别秘密监狱”的管理，石井四郎的三哥三男负责试验动物饲养的领导工作。
石井的细菌部队除了平房本部即731部队外，还有4个支队：
162部队（林口支队）：设于林口县，支队长西俊英军医中佐，后由榊原秀夫军医少佐接任。
643部队（牡丹江或海林支队）：设于海林镇，支队长尾上正男军医少佐。 673部队（孙吴支队）：设于黑河市孙吴县，支队长西俊英军医中佐。
543部队（海拉尔支队）：设于海拉尔市，支队长加藤恒则军医少佐。
319部队（大连细菌研究所）：设于大连市，前身为南满洲铁道株式会社卫生研究所，1939年划归731部队。
731部队做的实验主要有以下几种：
活体解剖：一个代号为“马路大”的特别项目进行人体试验：受试验者从中国的住民中抓来，也被称为“圆木” (丸太）
手榴弹试验：用人在不同的距离和位置进行手榴弹试验。
冻伤试验：用来测试人在不同温度下抗寒程度。
火焰喷射器实验：731部队将试验者关在废弃装甲车内，用火焰喷射器烤之，以测验火焰喷射器威力。但这实验是毫无意义的，没有装甲车会呆在原地让你烤，纯粹是“娱乐”罢了。
鼠疫实验：将鼠疫杆菌注入试验者体内，观察其反应。这种方法也应用在了被日本军队在边境抓住的苏联战俘身上。
开发落叶剂和细菌弹：其中最突出的“成果”是石井炸弹，美军后来在越南使用的菠萝弹也是该弹的改进型。石井炸弹为陶瓷外壳，内装携细菌的跳瘙。石井四郎还有一项发明是石井滤水器。以解决士兵在野外作战的污水处理为饮水的问题，算是731部队唯一有用处的发明了。
石井想要在太平洋冲突后的1944年5月使用化学武器，但是他的企图由于计划不周和联盟国的干涉而多次被挫败。当战争会很快结束的形势变得明朗时，石井下令摧毁那些设备设施，并告诉他的部下“把秘密带进坟墓”。
他的日本军队在战争的最后的日子里集合起来销毁他们进行人体试验的证据，包括毒杀400名在押的“马路大”并焚烧；还故意地放出所有感染瘟疫的动物。
米国相信这些研究数据是具有相当高的价值，因为联盟国从未进行过这种类型的人体试验。同时，米国不希望任何其他国，特别是苏联得到这些数据用于研究生物武器。因此，作为获得这些数据的交换，米国不以战争罪起诉731部队的军官。
当然，这些内容郑啸是没法全都告诉血狐的，因为按照正常的历史进程，731部队要在1937年之后才会成立，现在的这支神秘部队称为731部队的前身或许更准确点。
而且，有些内容就算是跟血狐讲了，恐怕他也听不懂的，所以郑啸只是简明扼要的给他讲了一些，让他有了初步的了解。
血狐都听入神了，他没想到这个神秘部队居然有着这么强悍的背景，真是匪夷所思啊，但是他相信郑啸不会骗他，这个神秘的731部队肯定是存在的。
全都听完了之后，血狐沉思片刻之后，睁开眼说道，“兄弟，这个什么731部队绝对不能留，不然是个大祸害啊。”
郑啸甚为赞同他的观点，他也觉得这支部队的存在，简直是一种罪恶，必须尽快铲除。
跟血狐商量了一下，最后两个人约定，等这边事情处理清楚之后，一定想办法把鬼子的731部队总部端掉。
…… ……